Desde los tiempos de la colonia la educación en Quecholac estuvo a cargo de los clérigos, en su mayoría frailes franciscanos, ya que además de evangelizar, también le dieron un gran impulso a la enseñanza del idioma castellano y algunas artes, así también le dieron un gran impulso a nuevas formas de culto, como las peregrinaciones, las procesiones, los cantos y los “mitotes”, es decir bailes y danzas. La educación la difundieron en sus conventos a través de dos tipos de escuelas: la interna y la externa en la primera educaban a los hijos de nobles indígenas y se les impartían las materias de lógica, retórica música, geometría, aritmética y gramática. En la segunda a los hijos de los mestizos y de las castas, donde aprendían doctrina y canto y nociones de escrituras y aritmética.
Por otra parte a los indígenas, les enseñaban artes y oficios que los capacitaban para realizar casas, conventos, esculturas y algunas artesanías, para que con esta forma contribuyeran con el sistema económico español.
Una de las escuelas antecesoras a toda la gama de escuelas que existen en la actualidad es la que se llamaba “Mariano Matamoros”, que actualmente lleva el nombre de “5 de mayo de 1962” y que ofreció servicios educativos durante un largo periodo del México Independiente.
El municipio de Quecholac cuenta con una infraestructura educativa de alrededor de 56 instituciones que atiende a la necesidad en los siguientes niveles; preescolar, primaria, escuela elemental para trabajadores, secundaria, telesecundaria, bachillerato general y universidad,  también existen actividades extraescolares de las casas de cultura, Bibliotecas, DIF y otras que ofrecen talleres de danza, guitarra, cultora de belleza, corte y confección, globoflexia, repostería, computación e inglés, entre otros.
En cuanto al analfabetismo, se ha abatido considerablemente con el programa INEA; y en los últimos años se ha disminuido con el cumplimiento de Servicio Militar Nacional; que junto con el programa INEA se han dedicado a combatir con el analfabetismo.
En la cabecera municipal se cuenta con cuatro preescolares o kínderes: un Preescolar Federal “Norma Augusta Rodriguez”, un Particular “Preescolar Tepeyac”, dos del DIF “San Dieguito” y “Quecholac”; Cuenta con 3 Primarias: una federal “América Latina”, una Estatal “5 de mayo de 1962” y una particular “Tepeyac”; Cuenta con 3 Secundarias: una federal “Técnica Industrial No.6”, una Estatal Telesecundaria “Ignacio Romero Vargas” y una particular “Tepeyac”; cuenta con un Bachillerato General Oficial “Mariano Matamoros” y con un Plantel Universitario UNIDES Campus Quechoac de reciente creación. Además de contar con talleres y cursos de la Casa de la Cultura “Juan Díaz” y la Biblioteca “Amado Nervo”; los servicios de CONAFE así como INEA.